上海海洋大学馆藏档案所属年代为1915－2020年。学校共有6个档案全宗，分别为国立四川水产职业学校，江苏省立水产职业学校，国立高级水产职业学校，浙江省立高级水产职业学校，崇明水产学校，上海海洋大学。馆藏档案以纸质档案为主，电子档案为辅。截至2023年，馆藏纸质档案共计78000多卷，资料1300多册，录像档案700多盘，照片档案17000多张，实物档案2000多件。案卷排架长度1300多米，手工目录134本，案卷级机读目录78000多条。其中，馆藏人物档案有学校一级教授朱元鼎的传略、生平、著作、手稿，水产教育家侯朝海的生平、侯氏宗谱、校友等回忆侯朝海的文章、《侯朝海传》等。